Cập Nhật Thuế Nhập Khẩu Việt Nam 2025: Thay Đổi Quan Trọng

Việt Nam đang trong giai đoạn cải cách thuế sâu rộng nhằm xây dựng một hệ thống công bằng, hiệu quả và minh bạch hơn. Những thay đổi này tác động trực tiếp đến hoạt động xuất nhập khẩu và kinh doanh. Đặc biệt, các quy định về thuế nhập khẩu đã có những điều chỉnh đáng kể, đòi hỏi các doanh nghiệp phải cập nhật và thích ứng nhanh chóng.

Bài viết này sẽ đi sâu vào các điểm mới trong cải cách thuế nhập khẩu tại Việt Nam, phân tích tác động và đưa ra những lời khuyên chiến lược cho các nhà lãnh đạo thuế. Chúng ta sẽ cùng nhau khám phá những thay đổi quan trọng sẽ định hình lại bức tranh thuế quan trong tương lai gần.

Những Thay Đổi Chính Trong Cải Cách Thuế Nhập Khẩu

Từ ngày 1 tháng 7 năm 2025, Việt Nam chính thức áp dụng một loạt luật thuế sửa đổi, bao gồm cả Luật Thuế Giá trị gia tăng (VAT), Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp, Luật Thuế Thu nhập cá nhân và Luật Thuế Tiêu thụ đặc biệt. Những sửa đổi này đánh dấu một bước ngoặt lớn trong cải cách hệ thống thuế của quốc gia.

Một trong những điểm nhấn quan trọng là việc áp dụng bắt buộc thanh toán không dùng tiền mặt cho mục đích khấu trừ thuế VAT đầu vào. Điều này áp dụng cho tất cả các giao dịch, kể cả những giao dịch dưới 20 triệu VNĐ. Trước đây, chỉ những hóa đơn trên ngưỡng này mới yêu cầu chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Quy định mới này nhằm ngăn chặn việc sử dụng hóa đơn giả và tăng cường tính liêm chính của hệ thống thuế.

Nghĩa là, mọi giao dịch mua hàng để phục vụ sản xuất, kinh doanh đều cần có chứng từ thanh toán không tiền mặt để được khấu trừ thuế VAT đầu vào. Điều này có thể gây ra một số thách thức ban đầu cho các nhà cung cấp nhỏ lẻ hoặc ở các chợ truyền thống. Tuy nhiên, về lâu dài, việc sử dụng thanh toán không tiền mặt sẽ giúp họ xây dựng lịch sử tài chính minh bạch, tạo điều kiện thuận lợi hơn cho việc tiếp cận các nguồn tín dụng chính thức.

Ngoài ra, Luật Thuế VAT sửa đổi còn tăng gấp đôi ngưỡng thu nhập chịu thuế cho các hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh. Từ năm 2026, chỉ những cá nhân, hộ kinh doanh có doanh thu trên 200 triệu VNĐ mỗi năm mới phải chịu thuế VAT và thuế TNCN. Đây là một biện pháp hỗ trợ mạnh mẽ cho các doanh nghiệp siêu nhỏ, giúp giảm bớt gánh nặng thuế và thủ tục hành chính, từ đó tạo thêm dư địa để tái đầu tư và phát triển.

Mặt khác, danh mục hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế cũng được cập nhật. Đồng thời, giá tính thuế đối với hàng nhập khẩu và các mức thuế suất cho một số nhóm sản phẩm cũng có sự điều chỉnh. Những thay đổi này nhằm phản ánh đúng hơn giá trị kinh tế thực tế của hàng hóa và khuyến khích các hành vi tiêu dùng phù hợp với định hướng phát triển.

Các mặt hàng được miễn thuế VAT bao gồm phân bón, máy móc nông nghiệp, tàu đánh bắt hải sản xa bờ, dịch vụ lưu ký chứng khoán và dịch vụ vận hành thị trường chứng khoán. Tuy nhiên, hàng hóa xuất khẩu từ tài nguyên thiên nhiên đã qua chế biến chỉ được miễn thuế VAT nếu thuộc danh mục do Chính phủ quy định. Luật mới cũng quy định miễn thuế VAT đối với hàng hóa nhập khẩu dùng để viện trợ nhân đạo, phòng chống dịch bệnh hoặc hỗ trợ khắc phục hậu quả chiến tranh.

Đáng chú ý, phương pháp tính thuế VAT đối với hàng nhập khẩu đã được sửa đổi. Công thức tính mới dựa trên giá trị hải quan cộng với các loại thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế bảo vệ môi trường (nếu có) áp dụng cho hàng hóa đó. Điều này đảm bảo tính nhất quán và công bằng trong việc đánh thuế.

Thay Đổi Quan Trọng Đối Với Hàng Nhập Khẩu Giá Trị Thấp

Một sự thay đổi đáng chú ý khác là việc Việt Nam đã chấm dứt tình trạng miễn thuế đối với các lô hàng nhập khẩu giá trị thấp gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh. Cụ thể, theo Quyết định số 01/2025/QĐ-TTg có hiệu lực từ ngày 18 tháng 2 năm 2025, quy định miễn thuế đối với hàng hóa có giá trị dưới 1 triệu VNĐ khi nhập khẩu qua các dịch vụ chuyển phát nhanh đã bị bãi bỏ. Trước đây, theo Quyết định 78/2010/QĐ-TTg, những lô hàng này được miễn thuế nhập khẩu và thuế VAT.

Chính sách miễn thuế này ban đầu được đưa ra nhằm đơn giản hóa thủ tục hải quan trong thời kỳ khai báo thủ công. Tuy nhiên, với sự bùng nổ của thương mại điện tử xuyên biên giới, chính sách này đã bộc lộ nhiều hạn chế. Ước tính mỗi ngày có khoảng 4-5 triệu đơn hàng giá trị thấp được vận chuyển từ các quốc gia như Trung Quốc vào Việt Nam.

Việc hiện đại hóa hệ thống quản lý hải quan tự động (VASSCM) đã giúp nâng cao đáng kể hiệu quả thông quan. Hơn 99% tờ khai hải quan hiện được xử lý điện tử thông qua hệ thống VNACCS/VCIS. Điều này giúp hệ thống có khả năng xử lý khối lượng lớn tờ khai hàng ngày một cách nhanh chóng mà không làm gián đoạn hoạt động thương mại.

Sự thay đổi này được kỳ vọng sẽ tạo ra một sân chơi bình đẳng hơn. Trước đây, hàng hóa sản xuất trong nước phải chịu thuế VAT, trong khi hàng nhập khẩu giá trị thấp qua chuyển phát nhanh lại được miễn thuế. Điều này đã tạo ra sự mất cân bằng cạnh tranh, ảnh hưởng đến các sản phẩm nội địa. Bằng việc đảm bảo tính nhất quán trong đánh thuế, quyết định này nhằm hỗ trợ sản xuất trong nước và thúc đẩy cạnh tranh lành mạnh.

Hơn nữa, việc bãi bỏ miễn thuế này phù hợp với chiến lược cải cách thuế tổng thể của Việt Nam, nhằm mở rộng cơ sở thuế, đảm bảo nguồn thu ngân sách công bằng và hiệu quả. Đồng thời, chính sách này cũng hài hòa hóa chính sách thuế đối với hàng hóa nhập khẩu giá trị nhỏ với các tiêu chuẩn quốc tế và khuyến khích tiêu dùng hàng hóa sản xuất trong nước.

Việc chấm dứt miễn thuế cho các lô hàng giá trị thấp này cũng có thể tác động đến các mô hình kinh doanh dựa vào việc nhập khẩu số lượng lớn các mặt hàng giá rẻ. Doanh nghiệp cần xem xét lại chiến lược giá và chuỗi cung ứng của mình để thích ứng với quy định mới này.

Thuế đối với Thương mại Điện tử và Nhà cung cấp Nước ngoài

Thương mại điện tử là một lĩnh vực trọng tâm trong cải cách thuế lần này. Cơ quan thuế sẽ áp dụng cơ chế “khấu trừ tại nguồn” đối với các giao dịch thương mại điện tử. Theo đó, thuế VAT sẽ được áp dụng với mức 1% cho hàng hóa, 5% cho dịch vụ và 3% cho vận tải hoặc các dịch vụ đi kèm hàng hóa.

Cụ thể, từ ngày 1 tháng 7 năm 2025, các nền tảng thương mại điện tử lớn như Shopee, Lazada, Tiki sẽ phải thực hiện khấu trừ thuế trước khi chuyển khoản thanh toán cho người bán. Thuế được tính dựa trên tỷ lệ phần trăm doanh thu từ mỗi giao dịch.

Luật Thuế VAT mới cũng bổ sung hướng dẫn về các giao dịch của nhà cung cấp nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam nhưng có hoạt động kinh doanh qua thương mại điện tử và nền tảng số. Việc thanh toán thuế sẽ do các nhà cung cấp nước ngoài này thực hiện hoặc được khấu trừ và nộp bởi các tổ chức quản lý nền tảng số hoặc các pháp nhân Việt Nam sử dụng phương pháp khấu trừ để khai thuế VAT.

Đáng chú ý, thuế suất VAT áp dụng cho các dịch vụ do nhà cung cấp nước ngoài cung cấp cho các tổ chức và cá nhân tại Việt Nam thông qua các nền tảng thương mại điện tử và kỹ thuật số sẽ thay đổi từ 5% lên 10%. Sự thay đổi này nhằm đảm bảo sự công bằng giữa các nhà cung cấp trong nước và nước ngoài, đồng thời tăng cường nguồn thu cho ngân sách nhà nước.

Việc áp dụng cơ chế khấu trừ tại nguồn và tăng thuế suất VAT cho dịch vụ số từ nước ngoài là những biện pháp quan trọng để quản lý hiệu quả hơn các hoạt động kinh tế số đang ngày càng phát triển mạnh mẽ tại Việt Nam. Điều này cũng giúp các doanh nghiệp Việt Nam cạnh tranh công bằng hơn trên thị trường.

Các Loại Thuế và Phí Khác Liên Quan Đến Nhập Khẩu

Ngoài thuế VAT, hoạt động nhập khẩu còn liên quan đến nhiều loại thuế và phí khác. Thuế nhập khẩu là một trong số đó, được tính theo phương pháp ad valorem dựa trên giá trị tính thuế. Việt Nam có ba mức thuế nhập khẩu chính: thuế thông thường, thuế ưu đãi (áp dụng cho hàng hóa từ các quốc gia có quy chế tối huệ quốc) và thuế ưu đãi đặc biệt (áp dụng cho hàng hóa từ các quốc gia có ký kết Hiệp định Thương mại Tự do – FTA với Việt Nam).

Việt Nam hiện có nhiều FTA hiệu lực, do đó, hàng hóa đủ điều kiện có thể được hưởng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần có Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) hoặc chứng nhận nguồn gốc phù hợp để hưởng các ưu đãi này. Luật sửa đổi bổ sung các luật về hải quan, thuế VAT, và thuế xuất nhập khẩu cũng đã làm rõ các quy định về hàng hóa nhập khẩu theo hình thức OTS (One-Time Shipment), theo đó hàng hóa OTS xuất khẩu giờ đây sẽ được áp dụng thuế suất VAT 0%.

Bên cạnh đó, còn có các loại thuế khác như thuế Tiêu thụ đặc biệt (SCT), thuế Bảo vệ môi trường (EPT), thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp và thuế tự vệ. Những loại thuế này áp dụng cho một số mặt hàng hạn chế và được coi là các loại thuế bổ sung cho thuế nhập khẩu trong một số trường hợp.

Thuế Tiêu thụ đặc biệt (SCT) áp dụng cho một số hàng hóa và dịch vụ được lựa chọn. Bao gồm thuốc lá, rượu, bia, ô tô, xe máy, điều hòa không khí, máy bay, xăng dầu, v.v. Thuế SCT được tính tại khâu sản xuất hoặc nhập khẩu. Đối với hàng hóa nhập khẩu (trừ một số loại xăng dầu), SCT áp dụng cả ở khâu nhập khẩu và khâu bán ra. Thuế SCT đã nộp ở khâu nhập khẩu sẽ được khấu trừ vào thuế SCT đã nộp ở khâu bán ra.

Các ưu đãi hải quan cũng được chú trọng đối với các ngành công nghệ và đổi mới sáng tạo. Luật sửa đổi đã loại bỏ hai tiêu chí đầu tiên để doanh nghiệp đủ điều kiện áp dụng tình trạng Doanh nghiệp được ủy quyền (AEO – Authorized Economic Operator). Điều này giúp các doanh nghiệp công nghệ và đổi mới sáng tạo, bao gồm cả các doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư sản xuất sản phẩm công nghệ cao, có thể đạt được trạng thái AEO ngay từ khi bắt đầu hoạt động, thay vì phải chờ đợi lịch sử tuân thủ hai năm.

Ngoài ra, luật sửa đổi còn công nhận các chứng nhận AEO từ các quốc gia hoặc vùng lãnh thổ đã ký Hiệp định Công nhận lẫn nhau (MRA) với Việt Nam, thúc đẩy hợp tác quốc tế. Luật cũng quy định miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa phục vụ khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và ngành công nghệ số. Bao gồm máy móc, thiết bị, phụ tùng, vật tư, tài liệu khoa học… được miễn thuế nhập khẩu trong thời hạn 5 năm.

Tác động đến Doanh nghiệp và Lời khuyên

Những thay đổi trong chính sách thuế nhập khẩu và VAT có thể tác động đáng kể đến chi phí hoạt động và lợi nhuận của các doanh nghiệp. Việc áp dụng thanh toán không tiền mặt bắt buộc và chấm dứt miễn thuế cho hàng giá trị thấp sẽ làm tăng chi phí ban đầu và yêu cầu doanh nghiệp phải điều chỉnh quy trình thanh toán và quản lý dòng tiền.

Doanh nghiệp cần chủ động rà soát lại các giao dịch nhập khẩu, đặc biệt là các lô hàng giá trị thấp. Việc cập nhật các quy định mới về thuế VAT và các loại thuế khác là vô cùng cần thiết. Đồng thời, doanh nghiệp nên tận dụng các FTA để hưởng các ưu đãi thuế nhập khẩu khi đủ điều kiện. Việc này không chỉ giúp giảm chi phí mà còn tăng cường năng lực cạnh tranh trên thị trường quốc tế.

Đối với các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực thương mại điện tử, việc hiểu rõ quy định về khấu trừ tại nguồn và thuế suất mới đối với dịch vụ số là rất quan trọng. Các nền tảng thương mại điện tử cần chuẩn bị hệ thống để thực hiện nghĩa vụ khấu trừ thuế theo đúng quy định. Người bán hàng trên các nền tảng này cũng cần nắm rõ các quy định về thuế.

Việc am hiểu và tuân thủ các quy định thuế mới không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được các khoản phạt không đáng có mà còn góp phần xây dựng một môi trường kinh doanh lành mạnh, minh bạch và bền vững. Các nhà lãnh đạo thuế cần xem xét việc đầu tư vào các giải pháp công nghệ để quản lý thuế hiệu quả hơn, đồng thời thường xuyên cập nhật kiến thức về các thay đổi chính sách.

Trong bối cảnh Việt Nam đang hội nhập sâu rộng vào nền kinh tế toàn cầu, việc nắm bắt và thích ứng với các thay đổi trong chính sách thuế nhập khẩu là yếu tố then chốt để doanh nghiệp duy trì và phát triển bền vững. Doanh nghiệp có thể tìm hiểu thêm về lộ trình hải quan và các quy định liên quan đến thương mại để có cái nhìn toàn diện hơn.

Câu hỏi thường gặp