Thuế EPE Bán Ra Nội Địa: Quy Định & Lợi Ích

Published on Tháng 12 18, 2025 by

Doanh nghiệp chế xuất (EPE) đóng vai trò quan trọng trong nền kinh tế Việt Nam. Tuy nhiên, việc bán hàng hóa từ EPE vào thị trường nội địa đôi khi gây bối rối về các quy định thuế. Bài viết này sẽ làm rõ các quy định thuế áp dụng cho EPE khi bán hàng vào thị trường Việt Nam.

Trước hết, cần hiểu rõ bản chất của EPE. Theo Nghị định 82/2018/NĐ-CP, EPE là doanh nghiệp thành lập và hoạt động trong khu chế xuất (KCX) hoặc chuyên sản xuất hàng hóa để xuất khẩu và hoạt động trong khu công nghiệp (KCN) hoặc khu kinh tế. Các EPE này có hệ thống hàng rào, cổng ra vào riêng biệt và tuân thủ các quy định hải quan về khu phi thuế quan.

Các KCX thường cung cấp ưu đãi về thuế quan và chi phí lao động thấp, giúp EPE hoạt động hiệu quả. Hơn nữa, họ còn được hưởng các ưu đãi thuế, giảm tiền thuê đất và miễn thuế xuất khẩu khi đưa hàng hóa ra nước ngoài. Vị trí gần cảng biển, sân bay cũng giúp việc xuất khẩu thuận lợi hơn.

Quy định chung về thuế đối với EPE

EPE nhìn chung phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) ở mức 20%. Tuy nhiên, mức thuế này có thể giảm nếu sản phẩm của họ thuộc danh mục ưu tiên của Chính phủ hoặc doanh nghiệp đặt tại các khu vực kinh tế khó khăn. Thu nhập từ nước ngoài của EPE cũng chịu thuế TNDN, nhưng có thể được khấu trừ các khoản thuế đã nộp ở nước ngoài.

Điều quan trọng cần lưu ý là EPE được hưởng các chính sách thuế riêng biệt đối với hàng hóa xuất nhập khẩu. Tuy nhiên, để đảm bảo không lạm dụng các ưu đãi này, EPE phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về kiểm tra, giám sát hải quan và thuế.

Bán hàng vào thị trường nội địa: Điểm mấu chốt

Việc bán hàng hóa từ EPE vào thị trường nội địa có những quy định cụ thể, khác biệt tùy thuộc vào địa điểm hoạt động của EPE.

Đối với EPE đặt trong KCX:

Các EPE này được phép bán hàng hóa vào thị trường nội địa. Tuy nhiên, người nhận hàng tại Việt Nam sẽ phải nộp thuế nhập khẩu. Đây là một điểm khác biệt quan trọng so với việc giao dịch với các đối tác nước ngoài hoặc các EPE khác.

Đối với EPE đặt trong KCN (không phải KCX):

Ngược lại, các EPE hoạt động tại KCN nhưng không nằm trong KCX thì bị cấm bán hàng hóa vào thị trường nội địa Việt Nam. Nếu vi phạm, họ có thể đối mặt với các hình thức xử lý theo quy định.

Do đó, vị trí đặt nhà máy và loại hình khu công nghiệp là yếu tố then chốt quyết định khả năng bán hàng vào nội địa của EPE.

Thuế Giá trị Gia tăng (GTGT) và Thuế Xuất Nhập Khẩu

Chính sách thuế đối với EPE khi giao dịch với thị trường nội địa còn liên quan đến thuế GTGT và thuế xuất nhập khẩu.

Khi EPE mua hàng hóa từ các công ty nội địa, các hàng hóa này sẽ phải chịu thuế xuất khẩu. Tuy nhiên, theo pháp luật Việt Nam, bên xuất khẩu (công ty nội địa) sẽ là người chịu trách nhiệm nộp thuế xuất khẩu này. Điều này giúp EPE tập trung vào hoạt động sản xuất và xuất khẩu.

Ngoài ra, nếu EPE mua hàng hóa và dịch vụ từ bên ngoài khu vực KCX (hoặc KCN đối với EPE không thuộc KCX) và các hàng hóa, dịch vụ này được sử dụng cho mục đích bên ngoài khu vực đó, EPE sẽ phải nộp thuế GTGT với mức 10%.

Bảng dưới đây tóm tắt nghĩa vụ thuế GTGT và các loại thuế khác cho EPE và doanh nghiệp không phải EPE trong các tình huống khác nhau.

Kiểm soát hải quan và sai lệch số liệu

EPE phải tuân thủ các quy định kiểm tra hải quan chặt chẽ để đảm bảo mọi nguyên liệu nhập khẩu đều được sử dụng đúng mục đích cho hàng hóa xuất khẩu. Bất kỳ sai lệch nào giữa sổ sách kế toán và báo cáo quyết toán hải quan đều có thể dẫn đến việc bị truy thu thuế và các loại phí khác.

Sai lệch thiếu hụt (Minus discrepancy):

Điều này xảy ra khi số liệu trên báo cáo hải quan lớn hơn số liệu trên sổ sách kế toán. Nguyên nhân có thể do nguyên liệu đã bị bán ra thị trường Việt Nam. Trong trường hợp này, thuế nhập khẩu và thuế GTGT sẽ phải được nộp.

Tuy nhiên, theo Công văn 9376, sai lệch thiếu hụt sẽ không bị áp dụng thuế nhập khẩu trong hai trường hợp sau:

  • Sai lệch thiếu hụt không được xác định là do bán cho thị trường Việt Nam.
  • Sai lệch thiếu hụt có nguyên nhân bất khả kháng.

Sai lệch thặng dư (Surplus discrepancy):

Ngược lại, sai lệch thặng dư xảy ra khi số liệu trên sổ sách kế toán nhiều hơn số liệu trên báo cáo hải quan. Nếu số vật tư thặng dư này vẫn còn trong kho, EPE sẽ chưa phải nộp thuế hay phí. Tuy nhiên, nếu không thể truy xuất nguồn gốc của số vật tư thặng dư, thuế có thể sẽ bị áp dụng.

Việc quản lý chặt chẽ nguyên vật liệu và tuân thủ các quy định hải quan là vô cùng cần thiết để EPE tránh được những rủi ro về thuế và pháp lý.

Mã loại hình xuất nhập khẩu liên quan đến EPE

Việc khai báo hải quan chính xác mã loại hình xuất nhập khẩu là rất quan trọng. Mã loại hình thể hiện mục đích sử dụng hàng hóa, từ đó xác định nghĩa vụ thuế, thủ tục hoàn thuế và các chính sách quản lý nhà nước. Đối với EPE, có một số mã loại hình đặc biệt cần lưu ý:

  • E11: Nhập khẩu nguyên liệu, vật tư từ nước ngoài cho EPE để sản xuất hàng xuất khẩu.
  • E13: Nhập khẩu hàng hóa là tài sản cố định của EPE (bao gồm cả nhập từ nước ngoài, nội địa hoặc từ EPE khác).
  • E15: Nhập khẩu nguyên liệu, vật tư từ thị trường nội địa cho EPE để sản xuất hoặc gia công hàng xuất khẩu.

Việc lựa chọn đúng mã loại hình giúp EPE thực hiện đúng thủ tục hải quan và hưởng các chính sách ưu đãi phù hợp. Có thể tìm hiểu chi tiết về bảng mã loại hình xuất nhập khẩu để có cái nhìn tổng quan.

Các trường hợp EPE không cần làm thủ tục hải quan

Theo quy định pháp luật, hàng hóa ra vào doanh nghiệp chế xuất thông thường phải làm thủ tục hải quan. Tuy nhiên, có một số trường hợp đặc biệt hàng hóa không cần thực hiện thủ tục tờ khai hải quan, hoặc doanh nghiệp có quyền lựa chọn có làm thủ tục hay không.

Đối với mục đích thuế, các trường hợp này cần được xem xét kỹ lưỡng. Ví dụ, theo Điều 16, Khoản 2 Thông tư 219/2013/TT-BTC, một trong những điều kiện để khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa xuất khẩu là phải có tờ khai hải quan. Tuy nhiên, có những trường hợp ngoại lệ không cần tờ khai hải quan.

Cụ thể, theo quy định về thủ tục hải quan (khoản 50 điều 1 Thông tư số 39/2018/TT BTC và điều 74 tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC), hàng hóa, dịch vụ bán vào khu chế xuất sẽ không phải làm thủ tục hải quan trong các trường hợp sau:

  • Xuất khẩu dịch vụ, phần mềm qua phương tiện điện tử: Cơ sở kinh doanh không cần có tờ khai hải quan. Tuy nhiên, phải thực hiện đầy đủ thủ tục xác nhận bên mua đã nhận dịch vụ, phần mềm qua phương tiện điện tử theo quy định.
  • Xuất khẩu sản phẩm phần mềm dưới dạng tài liệu, hồ sơ, dữ liệu đóng gói cứng: Để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải đảm bảo thủ tục về tờ khai hải quan như đối với hàng hóa thông thường.

Ngoài ra, theo Khoản 1 Điều 16 Luật Hải quan 2014, hàng hóa, phương tiện vận tải phải làm thủ tục hải quan. Tuy nhiên, có những quy định cụ thể về hàng hóa, dịch vụ bán vào khu chế xuất mà không cần tờ khai hải quan.

Việc hiểu rõ các trường hợp này giúp EPE tối ưu hóa quy trình và tránh các thủ tục không cần thiết, đồng thời đảm bảo tuân thủ pháp luật. Bạn có thể tìm hiểu thêm về các trường hợp không bắt buộc làm thủ tục hải quan với EPEs.

Hình ảnh minh họa nhân viên hải quan kiểm tra hàng hóa tại khu vực cửa khẩu EPE.

Tóm tắt và Lời khuyên

Việc bán hàng hóa từ EPE vào thị trường nội địa Việt Nam đòi hỏi sự hiểu biết sâu sắc về các quy định thuế và hải quan. Sự khác biệt về địa điểm hoạt động (trong hay ngoài KCX) ảnh hưởng trực tiếp đến quyền bán hàng vào nội địa và các nghĩa vụ thuế liên quan.

Những điểm chính cần ghi nhớ:

  • EPE trong KCX được phép bán hàng nội địa, nhưng người nhận phải nộp thuế nhập khẩu.
  • EPE ngoài KCX bị cấm bán hàng vào nội địa.
  • Giao dịch với công ty nội địa có thể phát sinh thuế xuất khẩu (do bên bán chịu).
  • Sử dụng hàng hóa, dịch vụ ngoài khu vực KCX có thể chịu thuế GTGT 10%.
  • Kiểm soát chặt chẽ sai lệch số liệu hải quan để tránh bị truy thu thuế.
  • Lựa chọn đúng mã loại hình xuất nhập khẩu là rất quan trọng.

Để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tối ưu hóa chi phí, EPE nên tìm kiếm sự tư vấn chuyên nghiệp từ các công ty dịch vụ hải quan và tư vấn thuế. Các đơn vị như THT Cargo Logistics là ví dụ điển hình về các công ty cung cấp dịch vụ khai báo hải quan và tư vấn cho các doanh nghiệp sản xuất và FDI.

Hiểu rõ các quy định này sẽ giúp EPE tận dụng tối đa lợi thế của mình, đồng thời đóng góp hiệu quả vào sự phát triển kinh tế của Việt Nam.

Câu hỏi thường gặp

EPE có được bán hàng hóa đã qua sử dụng vào thị trường nội địa không?

Theo quy định hiện hành, EPE chủ yếu tập trung vào sản xuất hàng hóa để xuất khẩu. Việc bán hàng hóa đã qua sử dụng vào thị trường nội địa cần được xem xét kỹ lưỡng theo từng trường hợp cụ thể và quy định của pháp luật về quản lý hàng hóa đã qua sử dụng.

Thuế suất thuế TNDN 20% có áp dụng cho tất cả EPE không?

Không hẳn. Mức thuế TNDN tiêu chuẩn là 20%. Tuy nhiên, các EPE có thể được hưởng mức thuế suất ưu đãi hơn nếu sản phẩm của họ thuộc danh mục khuyến khích của Chính phủ hoặc doanh nghiệp đặt tại các khu vực kinh tế khó khăn.

Nếu EPE nhập khẩu nguyên liệu từ nội địa để sản xuất hàng xuất khẩu, có phải nộp thuế xuất khẩu không?

Theo quy định, khi EPE mua hàng hóa từ công ty nội địa, hàng hóa đó sẽ phải chịu thuế xuất khẩu. Tuy nhiên, quy định pháp luật hiện hành thường quy định bên xuất khẩu (công ty nội địa) sẽ là người chịu trách nhiệm nộp thuế xuất khẩu này.

Sai lệch số liệu giữa sổ sách kế toán và báo cáo hải quan có luôn bị phạt không?

Sai lệch số liệu có thể dẫn đến việc bị truy thu thuế và các loại phí khác, tùy thuộc vào mức độ và nguyên nhân của sai lệch. Cần có sự kiểm soát chặt chẽ và báo cáo minh bạch để giảm thiểu rủi ro.

EPE có thể bán dịch vụ vào thị trường nội địa không?

Việc bán dịch vụ vào thị trường nội địa của EPE cần xem xét quy định cụ thể cho từng loại dịch vụ. Nếu dịch vụ được cung cấp qua phương tiện điện tử và tuân thủ các quy định về xác nhận giao dịch, có thể không cần tờ khai hải quan. Tuy nhiên, cần tham khảo ý kiến chuyên gia để có thông tin chính xác nhất.